Рассмотрим глобальную настройку шрифтов, отличных от принятых по умолчанию, которая будет работать в любом ПО, таком как GNOME, Firefox. Например чтобы сменить шрифты в Firefox потребовалось бы указать 3 варианта шрифта для каждой страны, это довольно долго, к тому же это потребуется сделать во всех программах, и даже настройка шрифтов через gnome-appearance-properties не поможет, так как она применима только к программам проекта GNOME.
Для примера был взят шрифт Liberation, он есть в репозиториях, для его установки надо выполнить

sudo apt-get install ttf-liberation

В пакет ttf-liberation входят такие шрифты, как Liberation Serif, Liberation Sans, Liberation Mono.
Для того чтобы принять этот набор шрифтов по умолчанию для данного конкретного пользователя нужно создать в домашней директории файл .fonts.conf следующего содержания:

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE fontconfig SYSTEM "fonts.dtd">
<fontconfig>
	<alias>
		<family>serif</family>
		<prefer>
			<family>Liberation Serif</family>
			<family>DejaVu Serif</family>
		</prefer>
	</alias>
	<alias>
		<family>sans-serif</family>
		<prefer>
			<family>Liberation Sans</family>
			<family>DejaVu Sans</family>
		</prefer>
	</alias>
	<alias>
		<family>monospace</family>
		<prefer>
			<family>Liberation Mono</family>
			<family>DejaVu Sans Mono</family>
		</prefer>
	</alias>
</fontconfig>

В данном примере для шрифта serif используется Liberation Serif, для sans-serif — Liberation Sans, для monospace — Liberation Mono. И в качестве запасных шрифтов указаны DejaVu.

UPDATE: чтобы все это работало в Ubuntu 9.10, надо сделать следующее:

sudo ln -s /etc/fonts/conf.d/50-user.conf /etc/fonts/conf.d/35-user.conf
sudo ln -s /etc/fonts/conf.d/51-local.conf /etc/fonts/conf.d/36-local.conf